A kutyamenhelyre vagy az oltóhelyre kerülő kutyák széles körű betegségek kockázatára nesznek a szoros lakóviszonyok miatt. Míg a kutya bármilyen betegséggel érkezhet, a legelterjedőbbek azok, a legkönnyebben terjedő és leggyakoribb betegségek.
Kutyaparvovírus
A kutyaparvovírus, vagy parvo, rendkívül fertőző és súlyos, életet fenyegető betegséget okozhat. A parvo hónapokig túlél bármilyen környezetben. A parvovírus a kutya gyomor nyálkahártyáját támadja, nehezítve a tápanyagok felszívódását. A fertőzés könnyen terjed kutya és kutya között. A vírus levegőben terjed és az orron keresztül jut be. A dokumentált inkubációs idő 5–7 nap, ebben az időszakban a kutya továbbadhatja. Az oltás megelőzi a betegséget, és a klórral való fertőtlenítés a menhelyen elölte a vírust.
Belső paraziták
A belső paraziták gyakoriak a menhelybeli kutyáknál. Az UC Davis Állatorvostudományi Egyetem szerint a bélbetegségek gyakoriak az oltóhelyről átökölt kölyköknél, mint a tenyésztőktől vásároltaknál. Főleg kagylóféreg, görcsféreg, csontféreg és szálféreg. Terjednek a fertőző talaj evéssel vagy a szennyezett szőr/lábujjak nyalogatásával. Minden bevándorló kutya legyen tesztelve, és kezelve, ha pozitív. Sokszor minden kutya megkap egy férgezési gyógyszert megelőzésképpen.
Légúti betegségek
A kutyák fertőző tracheobronchitis, vagy menhelyköhögés, a menhelyben eltöltött időben előforduló légúti betegség. A "menhelyköhögés" elterjedt, de több változat is létezik. Nem csak a köhögés a tünet, hanem tüsszentés és szem-/orrfolyás is. Közel minden patogén, ami a kutyák légúti betegségeihez kapcsolódik, kevesebb mint egy hónapig él a környezetben, és a legtöbb fertőtlenítő inaktiválja. Az amerikai állatorvosi társulás szerint a kutyainfluenza gyakran menhelyköhögésnek tűnik. Ez a légúti betegség gyakori az állatmenhelyeken, mentőcsoportokban és humán társaságokban. Rendszeres tesztelés és oltás tartja ellenőrzés alatt a terjedést.