A német juhászkutya genotípusa változhat. Gyakori példák:
- EE Bb Dd (fekete szőr, barna orr, domináns folt)
- Ee Bb Dd (fekete szőr, barna orr, recesszív folt)
- ee bb Dd (vöröses szőr, barna orr, domináns folt)
- ee bb dd (vöröses szőr, fekete orr, recesszív folt)
Ezek a kombinációk befolyásolják a szőrszín és a jelöléseket, de sok más genotípus is lehetséges.