A tiszta tenyésztés olyan organizmusokra utal, amelyek konzisztensen ugyanazokkal a jellegzetességekkel rendelkeznek, mert homozigóták azokhoz a tulajdonságokhoz. A tiszta vonalak kevés variációt mutatnak, és szelektív tenyésztéssel jönnek létre. Példák: kutyafajták, őszi növények. Előnyök: kiszámíthatóság; hátrányok: csökkent genetikai diverzitás, magasabb genetikai zavarok kockázata.