A faj definíciója az intercrosszítás (kereszteződés) alapján kihívást jelent az egysejtesek esetén több okból is.
Asexuális szaporodás
Sok egysejtes organismum asexuálisan szaporodik, genetikailag azonos utódokat termelve. Ilyenkor az intercrosszítés és a génanyag-csere az egyének között irreleváns.
Tisztázatlan határok
Az egysejtes populációk gyakran cserélnek génanyagot konjugáció, transzformáció vagy transzdukció mechanizmusain keresztül. Ezek a folyamatok genetikailag távol álló egyének között is megtörténhetnek, nehéz így egyértelmű fajhatárokat vonni kizárólag az intercrosszítás alapján.
Horizontális géntovábbítás
A horizontális géntovábbítás gyakori az egysejteseknél, lehetővé téve a gének átugrását távolabbra стоящи fajok között. Ez új tulajdonságokat és genetikai diverzitást vezet be, bonyolítva a kizárólag intercrosszításra épülő fajdefiníciókat.
Gyors evolúció
Rövid generációs idő és magas mutációs ráta gyors evolúcióhoz vezet sok egysejtes populációban. Idővel genetikailag távol álló egyének válhatnak képtelenné az intercrosszításra, tovább homályosítva a fajhatárokat.
Mivel a faj fogalma végső soron emberi konstrukció, az egysejtesek kutatói általában genetikai, fenotipikus és ökológiai adatok kombinációját használják az intercrosszítás helyett a fajhatárok meghatározásához.