Asexuális szaporodás:Számos egysejtű organizmus reprodukálódik aszexuális módon, azaz genetikailag azonos utódokat termelnek magukkal. Ilyen esetekben az internetes fogalma és a genetikai anyag cseréje a különböző egyének között irreleváns.
A világos határok hiánya:Az egysejtű organizmusok gyakran populációként léteznek, ahol az egyének különféle mechanizmusokon keresztül cserélhetnek genetikai anyagot, például konjugáció, transzformáció vagy transzdukció révén. Ezek a folyamatok előfordulhatnak a genetikailag sokszínű egyének között, megnehezítve a különféle fajok határának meghatározását, kizárólag a belső részen alapulnak.
Vízszintes génátadás:A vízszintes génátvitel gyakori jelenség az egysejtű organizmusok között, ahol a gének átvihetők a távoli rokon fajok között. Ez új tulajdonságok és genetikai sokféleség megszerzését eredményezheti, tovább bonyolítva a fajok definícióját az internetesek alapján.
Gyors evolúció:Az egysejtű organizmusok gyakran rövid generációs és magas mutációs sebességgel rendelkeznek, ami gyors evolúcióhoz vezet. Ez azt jelenti, hogy a populációk genetikailag gyorsan eltérhetnek, így a távoli rokon egyének között az idő múlásával kevésbé valószínű.
Ezenkívül a faj fogalma egy emberi konstrukció, amelyet az élet sokféleségének kategorizálására és megértésére használnak. Noha az interbreeding sok esetben hasznos kritérium a fajok meghatározására, az egysejtű organizmusokhoz való alkalmazása egyedi tulajdonságaik és reproduktív stratégiáik miatt problematikus lehet. Ehelyett a kutatók gyakran a genetikai, fenotípusos és ökológiai adatok kombinációjára támaszkodnak, hogy a fajok határait körvonalazzák az egysejtű szervezetek között.