A szelektív tenyésztés több potenciális költséget is hordozhat:
- Genetikai diverzitás csökkenése: Szuros párosítási medence csökkenti a variabilitást, növelve a sebezhetőséget a betegek és környezeti változások iránt.
- Inbreeding és egészségügyi problémák: Rokon tenyésztés növeli a géneti rendellenességek kockázatát.
- Egyéb tulajdonságok elvesztése: Specifikus jellegzetekre fókuszálás miatt értékes tulajdonságok, mint a beteghatóság, csökkenhetnek.
- Etikai aggályok: Gyakorlatok, mint a kiválogatás vagy génmódosítás, kompromittálhatják az állatjólétet.
- Korlátozott alkalmazkodás: Specifikus feltételekhez alkalmazkodott állatok nehezen birják a változó környezetet.
- Hagyományos tudás és biodiverzitás elvesztése: Ipari tenyésztés alulírhatja a helyi fajtákat és fajok sokszínűségét.
- Gazdasági költségek: Tenyésztési programok jelentős beruházást igényelnek infrastruktúrába, technológiába, szakértelembe.
A költségek változnak az organiszmus, a hatókör, az alkalmazott etika és tudomány szerint.