A macskák szemei leggyakrabban sárga vagy zöld árnyalatokban. Tisztafajtáknak gyakran sötétebb zöld vagy rézszínű szemeik. Ritkábbak a kék szemű macskák. Nincs egyetlen gén sem, ami meghatározná a szemszínt, de bizonyos szőrszín-gének növelik a kék szem esélyét.
Pontos színezésű macskák (Pointed Cats)
Halvány testszín, sötétebb lábak, arc, farok: „pontos” macskák. Mindig kék szemeik vannak. A siám macskák mindig pontosak, ez az egyetlen fajta, ami *mindig* kék szemű. Fajtán belül is van variáció: pl. fók pont siám sötét kék szeme, lila pont siám halványabb, szürkés kék.
Fehér macskák
Teljesen fehér szőrzetű macskáknak gyakran kék szemeik vannak. Domináns fehér színgénnel biró macskák kék vagy narancs szemeik lehetnek, az albínóknak kék vagy rózsaszín. Néha a fehér foltozó gén (lásd alább) is jelen van, így „párosított szemek” (egy kék, egy arany/zöld) keletkeznek.
Fehér foltokkal rendelkező macskák
A fehér foltozó génnel (pl. „smoking macska”) bíró macskák kék szeműek lehetnek, vagy páratlan szemek. Ha a gén mindkét szemre hat, kék szeme lesz; ha csak egyre, páratlan szemek.
Kék szemű macskák rendellenességei
Kék szemű macskák néha látás- vagy hallássérültek. Vanderbilt Egyetem kutatása: siám macskák gyakrabban rosszabb látásra vélnek, mint mások, ami a szemszínben lévő alacsony pigmentumhoz köthető. Ezért kevésbé aktívak éjszaka. Domináns fehér vagy fehér foltozó génnel biró macskák genetikus sükettségben részesülhetnek. Fehér foltozó génnél a sükettség általában a gén hatására lévő fül(ek)ben jelentkezik. Párosított szemű macskánál a kék szem oldali fül süket lehet.