A jaguarok (Panthera onca) egyetlen fajnak tekintendők, de a regionális populációk variációkat mutatnak, amiket egyes források különálló típusoknak vagy alfajoknak tekintenek:
- Észak-amerikai jaguarok: Az USA délelnyugati részén és Mexikóban; általában nagyobbak más populációknál.
- Közép-amerikai jaguarok: Belize, Honduras és Panama között elterjednek.
- Dél-amerikai jaguarok: Legszéleskörűbben elterjedtek, Kolúmbia és Venezuelaedtől Észak-Argentínáig.
- Amazonas jaguarok: Az Amazonas esőerdőben laknak, sűrű, fényes szőrzetükkel ismertek.
- Pantanal jaguarok: Brazília Pantanal vidéki vízesési területeihez alkalmazkodtak.
- Mexikói jaguarok: Genetikailag különállónak és relative tisztának tekintendők.
- Jucatán jaguarok: Jucatán-félszigeten és Észak-Belizeben; jellemzően kisebbek.
A jaguar alfajok tudományos besorolása változhat, mivel a kutatók továbbra is tanulmányozzák és vitatják a genetikai és földrajzi különbségeket.