A denevérek és papagók alapvető evolúciós különbségek miatt külön csoportokba sorolják őket. Íme néhány kulcsfontosságú ok:
Anatómia: Az egyik legértelmesebb különbség az anatómiai jellegzetességeikben rejlik. A denevérek emlősök egyedi csontvázszerkezettel, szárnyak, amelyek a módosult előlábaik és ujjaik között húzott hártyákból származnak. A papagók viszont madarak, csőrszájjal, tollakkal felszerelt előlábbal, és eltérő csontvázzal.
Szaporodás: A denevérek újszülötteket szülnek terhesség után, mint más emlősök. Tejet termelnek, viviparόs állatok. Ezzel szemben a papagók kemény héjú tojásokat tennek, és nem rendelkeznek tejmirigykkel. Oviparόs szaporodásúak, typikusan madarakhoz.
Mozgásmód: A mozgásmódok is eltérnek. A denevérek elsősorban a szárnyaikat használják a repülésre, kiváló manőverezési képességgel. Speciális repülési alkalmazkodásaik vannak, mint az ujjak közötti hártya (patagium). A papagók a szárnyakat a repüléshez használják, de erős lábakkal és fogóképes ujjokkal is rendelkeznek, amelyek lehetővé teszik az ágakra való ülést.
Táplálkozás: A denevérek diverz táplálkozást mutatnak: némelyik rovarívó, gyümölcsévő, húsévő vagy vérevő. A papagók elsősorban növényevők: gyümölcsök, diófélék, magvak, ritkán rovarok vagy nektár.
Élőhely: A denevérek különböző környezetekben élnek: barlangok, erdők, sőt városok. A papagók trópusi és szubtrópusi régiókban nívó, sűrű erdekekben, erdős savannákban laknak.
Echolokáció: A denevérek egyedüli echolokációs képességükkel ismertek. Magas frekvenciájú hangokat bocsátanak ki, amelyek visszaverődnek az tárgyakról, és a szuper érzékeny fülükbe térnek vissza, adva a részletes akusztikus képet a navigációhoz és vadászhoz sötétben. A papagóknak nincs igazi echolokációs képességük.
Ezek az alapvető anatómiai, szaporodási, mozgási, táplálkozási, élőhelyi és echolokációs különbségek erős biológiai alapokat adnak a denevérek és papagók külön osztályozásához.