Whittaker ideje óta azonban a molekuláris biológia és a genetika fejlődése a szervezetek közötti evolúciós kapcsolatok mélyebb megértéséhez vezetett. Ennek eredményeként egyes biológusok azzal érvelnek, hogy az ötkingdom rendszer túlságosan egyszerű, és nem tükrözi pontosan a földi élet sokféleségét és összetettségét.
Az ötkingdom rendszer egyik fő kritikája az, hogy elsősorban a morfológiai és ökológiai jellemzőkre, nem pedig az evolúciós kapcsolatokra épül. Ez olyan organizmusok mesterséges csoportosításához vezethet, amelyek nem szorosan kapcsolódnak egymáshoz. Például a Protista Kingdom egy olyan kategória, amely olyan organizmusok széles választékát tartalmazza, amelyek nem osztoznak a közös ősökkel.
Az ötkkdom rendszer másik kritikája az, hogy túl merev. Nem teszi lehetővé az új felfedezések könnyű elhelyezését, és nem tükrözi az evolúciós kapcsolatok dinamikus természetét.
Az ötkingdom rendszer alternatívájaként egyes biológusok egy rugalmasabb osztályozási rendszer használatát javasolják, amely az evolúciós kapcsolatokon alapul. Ez a filogenetikai szisztematika néven ismert megközelítés molekuláris adatokat használ olyan filogenetikai fák felépítésére, amelyek megmutatják az organizmusok evolúciós kapcsolatát. A filogenetikai fák felhasználhatók a monofletikus csoportok azonosítására, amelyek olyan csoportok, amelyek közönséges ősöket és minden leszármazottját tartalmazzák.
A filogenetikai szisztematika használata új organizmuscsoportok felismeréséhez és az élő szervezetek evolúciós kapcsolatok felülvizsgált megértéséhez vezetett. Például az Archaea, az egysejtű organizmusok egy csoportjának felfedezése, amely különbözik mind a baktériumoktól, mind az eukariótáktól, egy hatkvikus osztályozási rendszer javaslatához vezetett.
Összefoglalva:egyes biológusok azt állítják, hogy az öt királyság fogalma elavult, és hogy összetettebb osztályozási rendszerekre van szükség az élet sokféleségének és fejlődésének jobb megértéséhez.