Néhány kulcsfontosságú különbség teszi megkülönböztethetővé a csontos halakat az upszinológiai halaktól:
1. Gerinc: A csontos halaknak csontgerincük van; az upszinológiai halaknak upszin gerincük van.
2. Csírak: A csontos halaknak csontos vagy módosított csontos csíraik vannak; az upszinológiai halaknak plakoid csíraik vannak, amelyek kis, fog-szerű szerkezetek a bőrben beágyazva.
3. Úszónövök: A csontos halak úszónövei csontos sugarakkal támogatottak; az upszinológiai halakéi upszin sugarakkal.
4. Zsiráfak: A csontos halak zsiráfai csontos operculummal borítva vannak; az upszinológiai halak zsiráfai operculum nélkül vannak.
5. Fogak: A csontos halak fogai az állkapocsokban vannak; az upszinológiai halak fogai az állkapocsokon és a zsiráf íveken vannak.
6. Szemek: A csontos halak szemei a fej oldalaín vannak; az upszinológiai halak szemei a fej tetején vannak.
7. Orrlyukak: A csontos halaknak két orrlyukuk van; az upszinológiai halaknak egy van.
8. Spirakulák: A csontos halaknak nincsenek spirakulái; az upszinológiai halaknak van spirakulájuk a fej tetején a víz beviteléhez.
9. Farkúszónöv: A csontos halaknak szimmetrikus farkúszónövük van; az upszinológiai halaknak aszimmetrikus.