A pellikánoknak több természetes ragadozója van, különösen akkor, ha fiatalok vagy sebezhetők. A felnőtt pellikánokat elsősorban nagy hüllők, mint az alligatorok és krokodilok, valamint erős ragadozómadarak, beleértve a sasokat, vándorsólymokat és bagolyok fenyegetik.
A tojások és kiskacák még nagyobb veszélyben vannak, mert kígyók, kojotok és rákos pandák is prédálnak rájuk. Ezek a ragadozók formálják a pellikánok viselkedését és fészkelési stratégiáit a vadonban.