A fregatamadarak az élőlánc teteje közelében vannak, és kevés hagyományos ragadozójuk van, mert nagyok és repülőképesek.
Lehetséges fenyegetések:
* Nagyobb ragadozómadarak: Sasok vagy vércsék foghatnak csibéket vagy gyengült egyedeket.
* Emberek: Élőhelyvesztés, szennyezés, halászati mellékfogás jelentősebb kockázat.
* Paraziták: Tetvek, vészik, bélféreglerakok hatással lehetnek az egészségre.
* Viharak és időjárás: Extrém események okozhatnak sérülést vagy halált.
Összességében a fregatamadarak jól alkalmazkodtak, a legtöbb fenyegetés az emberi tevékenységből és alkalmi alkalmi ragadozókból származik.