Van azonban néhány dolog, amely veszélyeztetheti őket:
* Nagyobb ragadozó madarak: Miközben nem fognak aktívan vadászni a fregattmadarakat, a nagy madarak, például a sasok vagy a sólymok potenciálisan csibék vagy gyengült egyének áldozatai lehetnek.
* Emberek: Az emberi tevékenység, beleértve az élőhelyek elvesztését, a szennyezést és a horgászat fogást, veszélyt jelenthet a fregatt madárpopulációkra.
* Paraziták: A fregattárokat különféle paraziták befolyásolhatják, például atkák, tetvek és bélférgek.
* Viharok és időjárás: A szélsőséges időjárási események sérülésekhez vagy halálhoz vezethetnek.
Összességében a fregattárok nagyon jól hozzáigazítják a környezetüket, és kevés természetes ragadozóval rendelkeznek. Fő fenyegetéseik az emberi tevékenységből és az alkalmi opportunista ragadozóból származnak.