A fejedelem sasok, mint minden élőlény, a kiválasztás életfolyamatát használják a anyagcsere-hulladékok felhalmozódásának megelőzésére. A kiválasztás eltávolítja a hulladéktermékeket a testből.
A vese kiszűri a carbamidet és a kreatinint a vérből, a kloaka felé továbbítva, ahonnan vizeletként kiürülnek. A máj is megszabadul a káros anyagoktól, és epet termel, ami segít a hulladékok kikelésében a székletben.