A filippín-sas, mint minden más madár, tüdővel rendelkezik, ami a lélegzési/szivattyúszerv. A lélegzési folyamatukban az oxigén és a szén-dioxid csere történik az oxigén-gazdag légköri levegő és a sas vérkeringése között. A madarak lélegzőrendszere rendkívül hatékony, és alkalmazkodott az aktív, nagy energiaigényű életmódjukhoz és a repülés követelményeihez.