A tömeges kipusztulási események bekövetkezhetnek aszteroida-ütközés vagy nucléaire fegyverek nélkül is. Több természetes és emberi folyamat is vezethet nagy léptékű fajelvesztéshez.
Éghajlatváltozás
Gyors és súlyos éghajlatváltozások vezethetnek tömeges kipusztuláshoz. Extrém hőmérséklet-változások, csapadékminták megváltozása és az óceáni áramlások megváltoztatása megzavarhatják az ökoszisztémákat, és megnehezíthetik az alkalmazkodást. Például a perm-triasz kipusztulás, a „Nagy Halál”, ~252 millió évvel ezelőtt intensív globális felmelegedéshez és társított éghajlatváltozásokhoz kötődött.
Élőhelyelvesztés és -pusztítás
A széles körű élőhelyelvesztés entire ökoszisztémákat pusztíthat el. Ha a természeti élőhelyeket telepítés, mezőgazdaság, erdőgazdálkodás vagy más emberi tevékenységek miatt tisztítják, a fajok elveszítik az alapvető erőforrásokat: élelmet, menedéket, szaporodási helyeket. Ez populációcsökkenést és kipusztulási kockázat növekedést eredményez. A trópusi esőerdők pusztítása jelentősen hozzájárult a százezer növény- és állatfaj veszélyeztetettségéhez.
Túlvadászat és túlhalászat
A fenntarthatatlan vadászat és halászat gyorsan kimerítheti a populációkat, és a fajokat a kipusztulás felé tereli. Az overexploitation éllel, bőrért, gyógyszerért vagy más célokra megakadályozhatja a fajokat a szaporodásban és az önfenntartásban. A vándorgalamb túlvadászata a 20. század elején vezette a kipusztuláshoz, a nem szabályozott halászat hozzájárult különféle halfajok csökkenéséhez.
Szennyezés és toxinek
A szennyező anyagok és mérgező anyagok kibocsátása a környezetbe károsíthatja a vadon élőt és az ökoszisztémákat. Ipari kémikáliák, szervetlen rovarirtók, műanyagok és nehézfémek bekerülhetnek az ételláncba, és negatívan hatnak az egészségre, a szaporodásra és a túlélésre. Például a DDT súlyos populációcsökkenést okozott madaraknál, mint a vándorsólyom, a bioakkumuláció és a tojhéj vékonyság miatt.
Idegen fajok
A nem honos fajok bevétele megzavarhatja az ökológiai egyensúlyt, és fenyegetheti a honos fajokat. Az invázív fajoknak gyakran versenylehetőségeik vannak: gyors szaporodás, alkalmazkodóképesség, vagy a természetes ragadozók hiánya. Kiverekedhetik a honos fajokat, betegségeket terjeszthetnek, vagy megváltoztathatják az élőhelyet. A barna kígyó bevétele Guamra több honos madár- és hüllőfaj kipusztulását vagy súlyos csökkenését okozta.
Ezek a tényezők szinergikusan hatnak, növelve hatásukat a biodiverzitásra. A fenyegetések kezelése fenntartható gyakorlatokkal, természetvédelmi erőfeszítésekkel és nemzetközi együttműködéssel kulcsfontosságú a jövőbeli kipusztulási események megelőzésében.