Igen. Mint minden állat, a keresztbagolyok is elhárítják a hulladékot. Folyékony vizeletet, félszilárd urátokat és szilárd székletet termelnek, mindezt a kloáka által – egyetlen nyílás, amit a kiválasztás és a szaporodás is használ.
Amikor ülnek vagy pihennek, a keresztbagolyok gyakran fehér foltokat hagynak az urátokból, valamint barna vagy fekete székletet.