A génmutáció a gének DNS-sorozatának állandó változását jelenti. Öröklődhet szülőktől, vagy az egyén életében kialakulhat. Típusai: színezés-változat (morph), viselkedési és biológiai adaptáció, pontmutáció. Az emberek tenyésztik a kígyókat ritka színek, törpék, albinók érdekében, de mutációk fordulhatnak elő természetesen is, mint a Chappell-szigeti tigris kígyó esetében.
Szín-morphozis
A kiválasztott tenyésztés során az emberek olyan kígyókat párosítanak, amelyeknek bizonyos színjegyek vannak. Ha piros és sárga kígyó utódai között egy narancs van, a tenyésztő megőrzi a narancsot, és párosít egy pirossal, remélve újabb narancsot. A recesszív gén kimutathatja magát több generáció múlva is. Hosszú távú kiválasztás morphozist eredményez.
Méret-morphozis
Mivel a gének több jellegzetességet is határoznak meg, a tenyésztők kisebb kígyókat is kreáltak. A törpe változatok (pl. hálós és birmai piton) a hudut kígyók kiválasztásával, a törpegének kimutatásával jönnek létre idővel, ami megakadályozott növekedést eredményez.
Pontmutáció
Mivel a gének határozzák meg a nyálmirigy emésztő enzimeinek tulajdonságait, a génmutációuk vezetett a kígyómérgek kialakulásához – az evolúció jelentős tényezője. Egyes kígyók idegrendszert érintő mérget, mások kardiovasculáris rendszert támadó mérget fejtettek ki. Ezek pontmutációk, mert egy génegy pontját, sőt egy fehérjét is érintik.
Viselkedési és biológiai adaptáció
A kígyók alkalmazkodnak a környezetükhöz, ami idővel mutációt eredményez. A Chappell-szigeti tigris kígyók (Taszmánia partján) sokkal több hozzáférésük van a bőséges ételforráshoz, a baromfi madarakhoz, mint a taszmániai tigris kígyók. A szigeti változat idővel nagyobbrá nőtt, nagyobb mérgező mirigyokkal és szájjal, hogy a sok madárkikelőt elfogyaszthassa.