Vadászat: A jaguárokat szőrük és egyéb testrészeik miatt is vadászják. Fogaikat és karmaikat gyakran ajándéktárgyként adják el, húsukat néha elfogyasztják. Egyes területeken sportolás céljából is vadásznak jaguárokra.
Konfliktus emberekkel: A jaguárok időnként összeütközésbe kerülhetnek az emberekkel, különösen akkor, ha állatokat zsákmányolnak. Ez oda vezethet, hogy a farmerek és gazdálkodók megtorlásul jaguárokat ölnek meg.
Klímaváltozás: Az éghajlatváltozás negatív hatással van a jaguárokra is. Az éghajlat felmelegedésével a jaguár élőhelyei egyre melegebbek és szárazabbak, ami megnehezíti a túlélésüket.
E fenyegetések eredményeként a jaguárokat a Nemzetközi Természetvédelmi Unió (IUCN) „közel veszélyeztetett” kategóriába sorolja. Ez azt jelenti, hogy fennáll a veszélye annak, hogy a közeljövőben kihalnak, ha nem fokozzák a védelmi erőfeszítéseket.