A császárpingvinek fészkeiket „bújócskák” formájában építik fel, amelyek szorosan összebújt egyedcsoportok, amelyek összebújnak, hogy meleget és védelmet nyújtsanak a szélsőséges antarktiszi időjárással szemben. Ezek az összebújók néhány tucattól több ezer pingvinig változhatnak.
A zsúfoltságon belül a császárpingvinek hó és jég felhasználásával külön fészkeket hoznak létre. Kikaparnak egy sekély mélyedést a hóban, és tollakkal bélelik ki, így nyers, de hatékony fészket képeznek tojásaik megtartására. A fészkek általában 10-12 hüvelyk átmérőjűek és csak néhány hüvelyk mélyek.
Fontos megjegyezni, hogy a császárpingvinek az egyetlen pingvinfaj, amelyek télen rakják le tojásaikat. A legtöbb más pingvinfaj a melegebb nyári hónapokban szaporodik.