Fő ellenségek
Szőrhiányuk és látszólag sebezhető megjelenésük ellenére a csupasz patkányoknak több természeti ragadozója van:
Kígyók: A kígyók, különösen az afrikai élőhelyeiken előforduló puffádder, jelentősebb fenyegetést jelentenek. A gödörök bizonyos védelmet nyújtanak, de a kígyók néha bejutnak a barlangokba, vagy ásgálnak, hogy elérjék őket.
Ragadozómadarak: Bagolyok és sasok prédálhatnak a csupasz patkányokra, különösen akkor, ha azok kilépnek a gödörökből.
Nagyobb emlősök: Ragadozók, mint a rókák, sakálok vagy vadmacskák alkalmanként megragadhatják őket, bár a föld alatti életmóduk relatív biztonságot nyújt.
Védelmi mechanizmusok
Föld alatti életmód: Kiterjedt gödörrendszerük a legfontosabb védelem, lehetővé téve, hogy a legtöbb ragadozótól távol, biztonságban éljenek. Összetett alaguthálózatuk több kijárattal nehezen megfoghatóvá teszi őket.
Gyűjtő védekezés: A csupasz patkányok eusocialisak, koloniókban élnek egy királynővel és munkás kasztokkal. Ez a társadalmi szerkezet hatékonyan segít a gödörök védelmében. Veszély érzékelésekor magas hangú, csiripelős riasztási hangot adnak ki.
Egyéb fenyegetések
Emberi zavarás: A mezőgazdaság és az urbanizáció miatt bekövetkező élőhely-elvesztés növekvő fenyegetést jelent a csupasz patkányokra.
Föld alatti otthonaik, társadalmi szerveződésük és riasztási rendszereik révén a csupasz patkányok meglepő hatékonnyá váltak a ragadozók ellen.