A fehérfülű zsebegeret olyan invazív fajok fenyegetik, mint a vörös importált tűzhangya és a vaddisznó. A tűzhangyák közvetlenül megölhetik vagy károsíthatják a zsebegereket, ha megtámadják és lemérgezik őket. Elfogyaszthatják azokat a magvakat és rovarokat is, amelyekre az egerek táplálékként számítanak. A vaddisznók versenyezhetnek a zsebegerekkel az élelemért és a menedékért, és ásással és falatozással elpusztítják élőhelyüket.
Az élőhely elvesztése
A fehérfülű zsebegér számos tényező miatt veszíti el élőhelyét, beleértve a városfejlesztést, a mezőgazdaságot és a bányászatot. Ahogy az emberi populációk növekszenek és új területeket alakítanak ki, a fehérfülű zsebegerek számára elérhető élőhely csökken. A mezőgazdaság a gyepeket és más, az egerek számára fontos élőhelyeket szántófölddé vagy legelővé alakíthatja. A bányászat gödrök, utak és egyéb infrastruktúra létrehozásával is károsíthatja vagy elpusztíthatja a zsebegér élőhelyét.
Klímaváltozás
Az éghajlatváltozás és a kapcsolódó változó időjárási minták jelentősen befolyásolják a fehérfülű zsebegér élőhelyét és túlélését. A változó időjárási minták megzavarták az egér szaporodási ciklusait, ami a populáció csökkenéséhez vezetett. Az emelkedő hőmérséklet és a szélsőséges időjárási események, például a szárazság és a viharok a fehérfülű zsebegér létfontosságú élőhelyeinek és táplálékforrásainak elvesztését is eredményezik.
Betegség
Az olyan betegségek, mint a hantavírus és a pestis, további fenyegetést jelentenek a fehérfülű zsebegérre. Ezeket a betegségeket a rágcsálók rejtik magukban, és átterjedhetnek a zsebegerekre, ami a populáció csökkenéséhez vezet. A betegségek terjedését elősegíti az élőhelyek feldarabolódása, amely a különböző rágcsálófajokat közelebb hozza egymáshoz, és fokozza ezen halálos kórokozók terjedését.
Túllegeltetés állatállomány által
Az állatállomány általi túllegeltetés jelentősen megváltoztathatja a fehérfülű zsebegér elsődleges élőhelyének számító gyepek növényzetének összetételét és szerkezetét. Ez a lebomlás csökkenti az egér táplálékának és fedezékének elérhetőségét, így sebezhetőbbé válik a ragadozókkal szemben, és kihat a szaporodási sikerére.
Ezek a tényezők, a fehérfülű zsebegér korlátozott földrajzi elterjedési területével és alacsony populációsűrűségével együtt vezettek a veszélyeztetett fajok közé sorolásához. Az élőhelyének védelmét és helyreállítását, az invazív fajok visszaszorítását, a klímaváltozás hatásainak mérséklését és a betegségek terjedésének megakadályozását célzó természetvédelmi erőfeszítések elengedhetetlenek a fehérfülű zsebegér túlélésének biztosításához.