1. Megőrzési torzítás:A fosszilizációs folyamat ritka, és nagyon specifikus feltételeket igényel. A legtöbb állat gyorsan bomlik a megsemmisítés, a mikrobiális aktivitás vagy az elemeknek való kitettség miatt, nem hagyva nyomokat. Ahhoz, hogy egy organizmus fosszilis legyen, gyorsan el kell temetni és meg kell védeni a hanyatlástól, ami ritkán fordul elő.
2. lágy szövetek:Az állatok többségének lágy teste van, amelyek hajlamosabbak a bomlásra, mint a kemény szövetek, például a fogak és a csontok. A lágy testű organizmusok, például a rovarok, a férgek és a medúza, kevésbé valószínű, hogy kövületekként megőrzik a kemény szerkezetű állatokhoz képest.
3. Földtani folyamatok:A kövületek olyan geológiai folyamatokon keresztül alakulnak ki, amelyek millió év alatt zajlanak. Ezek a folyamatok magukban foglalják az üledékek, a kompresszió és a kémiai változások temetkezését. A Föld felszínének számos területe erózió, tektonikus aktivitás és más geológiai események vonatkozik, amelyek megsemmisíthetik vagy megváltoztathatják a kövületeket.
4. Környezeti tényezők:A környezet döntő szerepet játszik a fosszilizációban. Bizonyos környezetek, például az erősen savas vagy lúgos talajok feloldódhatnak vagy széteshetnek a csontok és a kagylók, csökkentve a megőrzés esélyét. Ezenkívül az olyan környezetek, amelyek szélsőséges hőmérsékleti változásokat vagy vízszintek ingadozását tapasztalják, előfordulhat, hogy nem elősegítik a fosszilis képződést.
5. Verseny a térért:A kövületeket gyakran találják meg az ókori környezetben kialakított üledékes kőzetekben, például a folyó deltákban, tavakban és óceánokban. Ezek a környezetek tele voltak az élettel, és a több organizmus maradványai versenyeznek a térért és a megőrzésért. Ezeknek az organizmusoknak csak egy kis töredéke végül fosszilisebbé válik.
A kihívások ellenére a fosszilis rekord értékes betekintést nyújt a földi élet történetébe. A kihalt fajok kövületei lehetővé teszik a tudósok számára az ősi ökoszisztémák, az evolúciós kapcsolatok és a paleoklimák tanulmányozását, hozzájárulva a biodiverzitás dinamikus természetének és a bolygó történetének megértéséhez.