Bomlás :Miután egy szervezet elpusztul, teste gyorsan lebomlik mikroorganizmusok, például baktériumok és gombák által. Ez a folyamat lebontja a szerves anyagokat, így kevés esély marad az egész szervezet megőrzésére.
Tafonómia :A taphonómia azokra a folyamatokra vonatkozik, amelyek egy szervezetre hatással vannak, miután az elpusztul és kövületté válik. Ezek a folyamatok magukban foglalják az öblítést, a vízi vagy szél általi szállítást, valamint az olyan elemeknek való kitettséget, mint a napfény és az eső. Ezek a tényezők szétszórhatják vagy károsíthatják a szervezet maradványait, így nem valószínű, hogy az egész test együtt megmarad.
Tárolási feltételek :A kövületek megőrzéséhez bizonyos feltételek szükségesek, ideértve a gyors eltemetést a bomlás megelőzése érdekében, a megfelelő üledéktípust a maradványok védelmére, valamint a pusztító geológiai folyamatok, például az erózió hiányát. Ezek a feltételek ritkán fordulnak elő együtt, ami kihívást jelent az egész organizmusok megőrzése számára.
Idő és geológiai folyamatok :A keletkező kövületek túlnyomó többsége végül megsemmisül vagy megváltozik a geológiai idők során. A Föld dinamikus folyamatai, mint például a hegyépítés, a vulkáni tevékenység és az erózió deformálhatják, eltörhetik vagy erodálhatják a kövületeket hordozó kőzeteket, tovább csökkentve a teljes kövületek megtalálásának esélyét.
Ritkaság :Egyes esetekben egy faj eredeti populációja kicsi és lokalizált lehetett, vagy csak bizonyos egyedek éltek olyan környezetben, amely elősegíti a megkövesedést. Ez a ritkaság megnehezítheti több példány megtalálását, nem is beszélve a teljes élőlényekről.
E tényezők eredményeként a legtöbb kövület töredékes, és csak az élőlények részeit képviseli, például csontokat, fogakat, héjakat vagy leveleket. Az egész állati és növényi kövületek ritka előfordulása rendkívül értékessé teszi őket a paleontológiai kutatás és az ősi ökoszisztémák megértése szempontjából.