A gyümölcsdenevérek, vagyis a repülő denevérek,nak változatos természetes ragadozói vannak, függően a fajtól és a helytől.
Ragadozómadarak
Karakarak, bagolyok és sólymok vadásznak gyümölcsdenevérekre.
Emlősök
Házi és vadmacskák, kutyák, kígyók és majmok megehetnek denevéreket, különösen a fiatal vagy sérült egyedeket.
Egyéb ragadozók
Timsahok foghatnak vízközeli fészkelő denevéreket.
Nagy halak, mint a barrakuda megragadhatnak vízen át repülő denevéreket.
Emberek
A vadászat ételért vagy gyógyszerért, valamint az erdőirtás miatt bekövetkező élőhely-elveszés fenyegeti a gyümölcsdenevéreket.
A konkrét ragadozók a földrajzi hely, az élőhely és a zsákmány elérhetősége szerint változnak.