A rafflesia több ok miatt van veszélyeztetett:
- Élőhely-elvesztés: Az erdőirtás a fásítás, a mezőgazdaság és a fejlesztés miatt elpusztítja az esőerdő élőhelyét.
- Illegális gyűjtés és kereskedelem: Az egyedi virágokat emléktárgyként és kereskedelmi célból furtoskodják.
- Beporzók csökkenése: A légy-populációk hanyatlása akadályozza a beporzást és a szaporodást.
- Klímaváltozás: Az időjárás változásai hatással vannak a szülőnövényekre és az életciklusra.