Változó klíma
A karbonkor egykor meleg, párás feltételekkel jellemeződött, amelyek üppes, kiterjedt növényzetet támogattak. A korszak végére felé a klíma mégis lehűlni és kiszáradni kezdett. Sok a korábbi melegséget és párat preferáló faj küzdött a túlélésért az új környezetben.
Új verseny
Ahogy a feltételek változtak, új növénycsoportok, mint a tövisesők és bizonyos pázsitfélék jelentek meg. Ezek a fajok jobban alkalmazkodtak a hűvösebb, szárazabb klímához, és fokozatosan kivertek sok régebbi karbonkori növényt a fény, víz és tápanyagért.
Földtani felborulás
A Pangea szuperkontinens kialakulása drámás földtani változásokat hozott. A kontinensek összecsapódása hegykeletést és a tengerszint változását okozta, töredezve és elpusztítva azokat az élőhelyeket, amikre a karbonkori növények milliók éve támaszkodtak.
Növényevők és más nyomások
A késő karbonkor és a korai perm során új növényevők jelentek meg, beleértve a rovarokat, amphibiókat és hüllőket. Ezek az állatok levelé, szárat és gyökereket ettek, további stresszt gyakorolva a környezeti változással már küzdő növénypopulációkra.
Fokozatos kipusztulás
A karbonkori növények eltűnése nem hirtelen esemény volt. Milliók évig tartó folyamatban zajlott, amit klímaváltozás, új fajak versenye, földtani változások és növényevés hajtott. Néhány kutató azt is javasolja, hogy invazív fajok is hozzájárulhattak, bár a fosszilis rekord nehezen engedi minden tényező megerősítését.