Élőhelyelvesztés
Az elsődleges fenyegetés az esőerdő élőhelyeinek pusztítása és töredezetessé tétele erdőirtás, mezőgazdaság és fejlesztés miatt.
Vadászat
A jaguárokat bőrükért, húsukért és fogaiért vadásznak, és fermerekkel való konfliktusban háziállatok miatt meg is ölik őket.
Klímaváltozás
Az emelkedő hőmérséklet csökkenti a trópusi élőhelyek alkalmasságát a jaguárok számára.
Betegségek
A jaguárok átvehetnek háziállatoktól (kutyák, macskák) származó betegségeket, amik halálosak lehetnek.