Az IUCN Vörös Listája a 98 patkós denevérfaj közül nyolcot veszélyeztetettnek minősít. Az elsődleges okok:
- Élőhely-elvesztés és klímaváltozás: Erdők irtása mezőgazdaság, erdőgazdálkodás és városfejlesztés elpusztítja a pihenőhelyeket és az ételforrásokat. A klímaváltozás befolyásolja a rovarok elterjedését, megzavarva a deneverek vadászati mintáit.
- Vadászat és üldözés: Patkós denevereket néha ételért vagy gyógyszerért vadásznak, és kártevőként ölnek meg, ha épületekben pihennek.
- Betegségek: Mint más vadon élők, betegségekre és parazitákra is hajlamosak. Néhány koronavírust kötöttek a patkós deneverekhez, bár nem minden faj terjeszti a betegséget, és kulcsfontosságú szerepet játszanak a rovarok szabályozásában és a beporzásban.
- Hiányzó természettvédelmi erőfeszítések: Korlátozott ismeretek az ökológiai igényeikről és a hatékony védelmi intézkedések hiánya járul a populáció-csökkenéshez.
Természetes populáció-ingadozás, genetikai diverzitás és más fajokkal való kölcsönhatás is befolyásolja a patkós denevereket. Védelmük kutatást, élőhely-védelem, közvélemény-tudatosság és együttműködést igényel a kormányok, természettvédők és közösségek között.