A Magellán-pingvint az IUCN sebezhetőnek minősíti. Populációja több tényező miatt csökkent:
- Túlfogás: Az elköltözött halfogás csökkenti az ételrendelkezésre állást és növeli a versenyhelyzetet a halászhajókkal.
- Élőhely-vesztés és -degrádáció: Városi fejlődés, turizmus, szennyezés és klímaváltozás zavarja a fészkelő helyeket és a szaporodási sikerét.
- Mellékfogás: A pingvinek a hálózatokban fulladnak, felnőtt és kölyök elhullást okozva.
- Klímaváltozás: Az emelkedő tengerszint, az élőlánc-változások és a gyakori viharok hatnak a szaporodásra és túlélésre.
- Olajszivárgások és szennyezés: Az olaj károsítja a tollakat, megzavarja a hőszigetelést és az úszóképességet, ami halált okozhat.
- Ragadozás: Természeti ragadozók:uszók, tengeri oroszlánok és skúák; az emberi hatások az ökoszisztémákra rosszabbá tehetik a ragadozási nyomást.
A védelmi erőfeszítések magukban foglalják a tengeri védett területeket, halászati szabályozásokat, mellékfogás csökkentést, élőhely-visszaállítást, olajszivárgás-védekezést és közoktatást. A folyamatos monitoring és a nemzetközi együttműködés elengedhetetlen a faj hosszú távú túléléséhez.