Annak megállapításához, hogy egy faj kihalt-e fylogenetikus fa használatával, a kutatók óvatos folyamatot követnek:
Az ág lokalizálása: Először azonosítják a fán az ágat, ami a kérdéses fajt képviseli.
Az ág státuszának vizsgálata: Megvizsgálják, hogy az ág végződik-e vagy folytatódik. Ha az ág leáll utódok nélkül, az arra utal, hogy a faj kihalt. Ha az ág folytatódik és további sorokat ad, a faj fennmaradó (extant)nek minősül.
Egyéb bizonyítékokkal kereszt-ellenőrzés: A fylogenetikus adatokat fosszilis rekordszámmal, történelmi dokumentumokkal és terepi megfigyelésekkel kell támasztani. Több bizonyíték kombinálása növeli a bizalmat a következtetésben.
Röviden: az ágazati minták elemzése és azok validálása külső rekordokkal a kulcs a faj eltűnésének megállapításához.