Néhány kulcsfontosságú különbség teszi megkülönböztethetővé a csontos halakat az upszinú halaktól:
1. Váz: Csontos halaknak csontvázuk van; az upszinú halaknak upszinvázuk.
2. Csontosok: Csontos halaknak csontos vagy módosított csontos csontosuk van; az upszinú halaknak plakoid csontosuk, ami kis, fogszerű szerkezetek a bőrben ágyazódva.
3. Úszófarok: Csontos halak úszófarjai csontos sugárakkal támogatottak; az upszinú halaké upszinú sugárakkal.
4. Zsirfészek: Csontos halak zsirfészkei csontos operculummal fedettek; az upszinú halak zsirfészekhiányoznak operculum.
5. Fogak: Csontos halak fogai az állkapocsokban; az upszinú halak fogai az állkapocsokon és zsirfészek íveken.
6. Szemek: Csontos halak szemei a fej oldalin; az upszinú halak szemei a fej tetején.
7. Orrnyílások: Csontos halaknak két orrnyílásuk van; az upszinú halaknak egy.
8. Spiraklák: Csontos halaknak nincsenek spiraklái; az upszinú halaknak a fej tetején vannak spiraklák a vízbevitelhez.
9. Farkfarok: Csontos halaknak szimmetrikus farkfarok; az upszinú halaknak aszimmetrikus farkfarok.