A kalmár-csontos cápa a rovásláncolat tetején áll, kevés természeti ellensége van.
Kivételek: nagyobb cápa fajok, orkák (kasza-kit) és az emberek. Fiatal vagy kis cápa a legsebezhetőbb.
Az emberek jelentik a legnagyobb fenyegetést halászattal és élőhely-rombolással.