A kalmár fejű cápák fenyegetéseknek vannak kitéve: túlzott fogás hús, fark, olaj miatt, és mellékfogás. Az élőhely pusztítása (korallzátonyok, mangróvok) eltávolítja a menedéket és szaporodási helyeket. Lassú szaporodási ráta – kevés kiscapát minden 2–3 évben – nehezíti a populáció helyreállítását.