Az éjszakai János konfliktus az elnyomó társadalmi és faji dinamika középpontjában a Jim Crow korszak déli részén áll, ahol az afroamerikaiak súlyos diszkriminációval, szegregációval és korlátozott hozzáféréssel szembesültek az oktatáshoz és a lehetőségekhez. A regény kiemeli a rabszolgaságú emberek küzdelmeit, valamint azt a hosszúságot, hogy tudást és írástudást szerezzenek egy olyan világban, amely tudatlanul tartotta őket.
Az elsődleges konfliktus a főszereplő, John körül forog, aki titokban más rabszolgaságú embereket tanít, hogy éjjel olvassa el és írjon, és megcáfolja azokat a törvényeket, amelyek tiltják az afrikai amerikaiak oktatását. Ez az elnyomó rendszer elleni ellenállás veszélyezteti Johnot és hallgatóit, mivel bármilyen felfedezés súlyos büntetést eredményezhet, beleértve a verést vagy akár a halált is.
A regény a karakterek belső konfliktusait is feltárja, amikor a szisztémás elnyomás közepette navigálják a szabadság, az egyenlőség és az önkifejezés iránti vágyukat. John saját utazását a félelemtől és az önbizalomtól a bátorságig és az elszántságig történő átalakulás jellemzi, amikor a rabszolgák társainak remény jelzőjévé válik.
Ezenkívül a konfliktus kiterjed a fehér közösségre, amelyet olyan szereplők képviselnek, mint például az ültetvénytulajdonos, Waller úr, akik elhatározják, hogy fenntartják a status quo -t és érvényesítik hatalmukat a rabszolgaság felett. Az afrikai amerikaiakkal szembeni oktatás elleni ellenállást az ellenőrzés fenntartásának és a meglévő társadalmi rend zavarának megelőzésének eszközének tekintik.
Végül, az éjszakai John a polgári jogokért folytatott küzdelem erőteljes ábrázolását mutatja be, hangsúlyozva az emberi szellemi vágyat és az emberi szellem ellenálló képességét az elnyomás ellen.