1. Méret: A hím bojtos cinege általában valamivel nagyobb, mint a nőstény, hosszabb a farka és nagyobb a feje.
2. Színezés: A hím bojtos cinege világosabb, élénkebb színezetű, mint a nőstény. A hím feje fekete, míg a nőstényé tompaszürke. A hím háta világosabb kék, míg a nőstényé tompább szürkéskék. A hím szárnya is élénkebb rozsdás színű, mint a nőstényeké.
3. Viselkedés: A hím bojtos cinege nagyobb valószínűséggel énekel és mutatkozik, mint a nőstények. Valószínűbb, hogy agresszívek más hímekkel szemben.
4. Genetika: A bojtos cinege nemét a genetika is meghatározhatja. A hím bojtos cinege két Z kromoszómával, míg a nőstény bojtos cinege egy Z kromoszómával és egy W kromoszómával rendelkezik.
Ezeket a módszereket kombinálva pontosan meg tudja állapítani a bojtos cinege nemét.