A törpe tengeri nyúl testhőmérséklete megegyezik a körülötte lévő vízhőmérséklettel. Mint a legtöbb hal, a törpe tengeri nyúlok nem képesek az önmaguk belső hőmérsékletének szabályozására, teljesen a környezetüktől függenek.
Mivel nincs független hőszabályozásuk, a testük hőmérséklete ingadozik a körülöttük lévő tenger élőhelyével. Ahogy a víz melegedik vagy hűl, úgy változik a tengeri nyúl hőmérséklete is.