Nincs egyetlen gén, ami felelős az összes ló szőrszín változásáért. A szőrszín egy komplex több gén interakciójából származik.
A kulcsfontosságú gének: Extension (fekete/vörös pigment), Agouti (pigment eloszlás), Cream (elmosás), Dun (ősjelek), Champagne (elmosás és szemszín), Gray (progreszív elszürkezés). A minta gének, mint Leopard Complex és Sabino pöcköket és rozsdásodást hoznak létre.
A ló szőrszínének megértéséhez ismerni kell az összes gén specifikus allel kombinációját. Ez a komplexitás teszi a ló szőrszín genetikáját izgalmas kutatási területté.