A modern genetikai ismeretek lehetővé teszik a tenyésztők számára, hogy konkrét színekre tenyésztenek. A tudományos háttér bonyolult, de egyszerűsítve: a lók – mint minden élőlény – recesszív és domináns génekkel rendelkeznek. Minden ló alap színe lehet barna (bay), fekete vagy cseres (chestnut). Amikor az alapszínek keverednek fehérrel vagy krémszínnel, roan, paint, appaloosa és más színek keletkeznek. Habár a fehér arc- vagy lábjelzések tenyésztése beváltlan, a fehér testjelzések tenyésztése lehetséges.
Homozigóta és heterozigóta lovak
Minden lónak – fajtától és színtől függetlenül – van egy génpárja minden lehetséges foltmintázathoz. A minta csak akkor jelenik meg, ha az egyik gén domináns. Homozigóta lónál mindkét gén domináns az adott mintára. Egy homozigóta kan az adott mintát mindig továbbadja, függetlenül a kanca színétől. Heterozigóta kan esetén az utódok mintázatának esélye a kanca géneitől függ.
A fehér minták
- Tobiano: a fehér átnyúlik a nyak és a farokgyökér között a háton, mindnégy alsóláb fehér. A fej egyszerű színezésű, lehet normál fehér csík. A fehér minta sosem halad át a háton.
- Overo: a fehér nem halad át a háton, legalább egy láb teljesen sötét, a fejen kiterjedt fehér. Négy ismert almintázat: frame, calico, sabino, splashed white.
- Piebald / Skewbald: overo, tobiano vagy leopard mintázatúak lehetnek.
A krém gén
A krém gén elmosja az alapszínt. A cseres recesszív, két cseres gén cseres csecsemőlőt eredményez. A palomino egy cseres + egy krém gén. Együtt tenyésztve palomino vagy cseres utódok születhetnek. A kremelló nincs cseres gén, két krém gén – duplán elmosott cseres. Cseres × kremelló = mindig palomino. Barna × barna = nagy valószínűséggel barna. Bükskin / dun = barna + krém gén. Perlinó = bükskin + dupla krém gén.
Fekete
A fekete gén a legkevésbé kiszámítható. Két fekete szülőtől nem feltétlenül fekete csecsemőlő születik. Ha hordozzák az elmosó gént, palomino vagy bükskin utódok születhetnek. Enyhén elmosva sötétszürke vagy füstös színt ad. Dupla elmosott fekete gén = smoky cream, kék szemmel, rózsaszín bőrrel.
Fehér
Az amerikai albino nem igazi albino (barna szeme van). A letális fehér génnel rendelkező lovak homozigóta overo utódot produkálhatnak, ami hamar a születés után elpusztul (letális fehér szindróma). Tenyésztés előtti génvizsgálattal kizárható. Ha a ló hordozza a szürke génét, bármilyen szízzel kezdődjön, elmosódik és idővel világosodik. Pl. lipicai lovak: fekete csecsemőlők, néhány hónap alatt szürkekké válnak.