Betegség: A feketelábú görény számos betegségre fogékony, beleértve a szilvatikus pestist, a szarvasmarhát és a tularémiát. Ezek a betegségek gyorsan terjedhetnek a prérikutyakolóniákon keresztül, megtizedelve a feketelábú görénypopulációkat.
Beltenyésztés: A feketelábú görény populációja kicsi, ezért érzékenyebb a beltenyésztés hatásaira. A beltenyésztés a genetikai sokféleség elvesztéséhez vezethet, ami a populációt sebezhetőbbé teheti a betegségekkel és más fenyegetésekkel szemben.
Predáció: A feketelábú görényeket különféle ragadozók zsákmányolják, köztük prérifarkasok, sólymok és baglyok. A feketelábú görénypopuláció csökkenésével párhuzamosan a rájuk táplálkozó ragadozók száma is csökkent. Ez a ragadozópopulációk növekedéséhez vezethet, ami tovább fenyegetheti a feketelábú görényeket.
Klímaváltozás: Az éghajlatváltozás az előrejelzések szerint jelentős hatással lesz a feketelábú görényre és élőhelyére. Az éghajlat felmelegedésével a prérikutyakolóniák száma várhatóan csökkenni fog, ami csökkenti a feketelábú görények számára rendelkezésre álló menedéket, táplálékot és szaporodási helyeket.