A jaguárok az élelánc csúcsán állnak, és nincsenek természetes ragadozóik. Azonban az emberi tevékenységek súlyosan megköveték a populációjaikat. A fő fenyegetések:
- Emberek: Élőhelypusztítás erdőirtás, mezőgazdaság, fejlesztés miatt, valamint illegális vadászat bőrért, fogakért, karomokért.
- Élőhelyelvesztés: Fragmentáció csökkenti az áldozat elérhetőségét, és sebezhetőbbé teszi a jaguárokat a vadászok szempontjából.
- Illegális kereskedelem: Jaguárokat vadásznak és eladják a fekete piacon a testegeikért.
- Ember-vad konfliktus: Ahogy az élőhely zsugorodik, a jaguárok emberekkel kerülnének kapcsolatba, néha sérülésekkel vagy halállal mindkét fél számára.