Élőhely elvesztése és töredezettsége: A fekete lábú hörcsög (Mustela nigripes) hanyatlásának elsődleges oka az élőhely elvesztése és töredezettsége. Ezek a hörcsögök a prérikutya kolóniáira támaszkodnak menedékhez, ételhez és szaporodáshoz. A prérikutyák széles körű kiirtása az emberi üldözés, betegségek és a mezőgazdasági/városi célú területátalakítás miatt a fekete lábú hörcsögök létfontosságú élőhelyét tette lehetetlenné.
Betegségek: Egy másik kritikus tényező a háziállatoktól és más ragadozóktól terjedő betegségek. A kutyamorbus, a vörös hapatitis és a kutyaderengés olyan betegségek, amelyek halált okoztak a fekete lábú hörcsögöknek, tovább csökkentve az már is kicsi populációikat.
Kis populáció és genetikai változatosság: A fekete lábú hörcsögök természetesen kis populációkban élnek, ezáltal sebezhetőbbé válnak az élőhelyvesztés és betegségek hatásaira. Korlátozott genetikai változatosságuk növelte a beavatkozás kockázatát és csökkentette a faj alkalmazkodóképességét a változó környezeti feltételekhez.
Ragadozás: Az élőhely csökkenésével és a populációszám csökkenésével a fekete lábú hörcsögök sebezhetőbbé váltak a nagyobb ragadozók, mint a kojotok és a borzok,(predációja miatt. Ez tovább rontotta a populációjukat.
Ezek a tényezők együttesen a 20. század közepéig a fekete lábú hörcsög populációját a vadon való szinte teljes kipusztulás szélére vitték. A természvédelmi erőfeszítések, beleértve a fogságban tartási tenyésztési programokat és a reintrodukciókat, segítek a faj megmentésében a kipusztulás széléről, de továbbra is kritikusan veszélyeztetettek, és folyamatos kihívásokkal szembesülnek a túlélésükben.