A fekete szúnyogmajmok az erdő elelmiszerláncának teteje közelében vannak, de van néhány ragadozójuk.
Nagy macskák, mint a jaguar és a puma, megvadászhatják őket, különösen ha a majmok sebezhetők. Nagy kígyók, mint az anakonda, fenyegethetik a kismacikot, és hatalmasság harpiasasok képesek felnőtt egyedeket is megragadni, bár ritkán.
A legnagyobb fenyegetés azonban az embertől származik: vadászat, erdőirtás és élőhelyvesztés. A szúnyogmajmok az ügyességükre és a csoportéletre támaszkodnak a legtöbb ragadozó elkerülésére.