Genetikai sokféleség: A klónozás genetikailag azonos egyedeket hoz létre. A genetikai sokféleség hiánya fogékonyabbá teheti a lakosságot a betegségekre, a környezeti változásokra és más veszélyekre.
Viselkedési és ökológiai hatások: Előfordulhat, hogy a klónozott állatok nem rendelkeznek természetes viselkedéssel, társadalmi struktúrákkal és ökológiai kölcsönhatásokkal, amelyek az evolúció generációi során alakultak ki. Ez megzavarhatja az ökoszisztéma dinamikáját.
Verseny és erőforrás-felhasználás: A klónozott egyedek behurcolása fokozhatja a versenyt az olyan erőforrásokért, mint a táplálék, az élőhely és a társak, ami hatással lehet más fajokra is.
Betegség átvitele: A klónozott állatok olyan betegségeket vagy genetikai hibákat hordozhatnak, amelyek átterjedhetnek a vadon élő populációkra.
Az élőhely alkalmassága: Előfordulhat, hogy a klónozott állatok nem alkalmazkodnak megfelelően természetes élőhelyük sajátos körülményeihez, ami alacsony túlélési arányt eredményez.
Ökoszisztéma funkció: A klónozott állatok ökológiai hozzájárulásának hiánya, mint például a beporzás, a magvak szétszóródása vagy a ragadozás, megváltoztathatja az ökoszisztéma működését.
A természetes szelekció hiánya: A klónozás megkerüli a természetes szelekciót, ami kiküszöböli a kevésbé alkalmazkodó egyedeket. Ez olyan populációt eredményezhet, amely nem megfelelően alkalmazkodik a környezethez.
Kiszámíthatatlan hosszú távú hatások: A klónozás és a genetikailag azonos állatok ökoszisztémába történő bejuttatásának hosszú távú ökológiai következményei nem teljesen ismertek.
Ezért, bár a veszélyeztetett fajok klónozása ígéretes védelmi eszköznek tűnhet, óvatosan kell megközelíteni, és alapos kutatásra van szükség az ökoszisztémákra gyakorolt lehetséges kockázatok és hatások felméréséhez.