Wisconsin elvesztette több faját, beleértve:
- Keleti pokolbányász (Cryptobranchus alleganiensis alleganiensis): Egy gúnya, amit ma kivándoroltnek tartanak az élőhely-veszteség és szennyezés miatt.
- Vándor galamb (Ectopistes migratorius): Egykor gyakori Wisconsinban, a 1800-as évek végén a túlzott vadászat és élőhely-veszteség kipusztította.
- Nagy pengé (Pinguinus impennis): Repülőképes búvómadár, a 1800-as évek közepén a tollakért és húsért való vadászat miatt kipusztult.
- Eszkimó küllő (Numenius borealis): Egy csipke, a 1800-as évek végén a vadászat miatt kipusztult.
- Carolinai papagáj (Conuropsis carolinensis): Színes madár, a 1900-as évek elején a vadászat miatt kipusztult.
- Keleti puma (Puma concolor couguar): A 1900-as évek elején kivándorolt a vadászat és élőhely-veszteség miatt.
- Erdő almizmarha (Symbos cavifrons): A pleisztocén megafauna faj, kb. 10 000 évvel ezelőtt kipusztult.
- Pleisztocén bivaly (Bison antiquus): A legnagyobb ismert bivaly, kb. 10 000 évvel ezelőtt kipusztult.
- Masztodon (Mammut americanum): Ikonikus jégkorszaki emlős, kb. 10 000 évvel ezelőtt kipusztult.
- Mammut (Mammuthus primigenius): Jégkorszaki faj, kb. 10 000 évvel ezelőtt kipusztult.