Az állatszerű elsősejtek, azaz a protozoák rendkívül változatos környezetekben élnek:
Édesvízi élőhelyek
Tavak, tóak, folyók és patakok (pl. amébák, parameciumok).
Tengeri környezetek
Tengervíz, szennyezett üledékek és tengeri organizmusok felületei (pl. diatomeák, dinoflagellátumok).
Talaj
Hozzájárulnak a tápanyagciklushoz és a bomláshoz (pl. amébák, gézengűzõk, ciliak).
Szimbiótikus kapcsolatok
Állatok emésztőrendszerében élnek, segítve az emésztést.
Parazita élőhelyek
Házigazdák vére, emésztőnyalma vagy szövetei, néha betegségeket okozva (pl. a maláriát okozó Plasmodium).
A protozoák gyakorlatilag minden vízi és nedves szárazföldi élőhelyben élnek a Földön.