1. Édesvízi környezet:Sok protozoon virágzik édesvízi élőhelyeken, például tavakban, tavakban, folyókban és patakokban. Az édesvízi protozoonok példái közé tartozik az amőbák, a paramecia és az euglena.
2. Tengeri környezet:A protozoonok bővelkednek a tengeri ökoszisztémákban, a vízoszlopban, a tengerfenék üledékeiben, sőt a tengeri élőlények felszínén is élnek. A tengeri protozoonok közé tartoznak a kovamoszatok, a dinoflagellaták és a foraminiferák.
3. Talaj:Egyes protozoonok talajkörnyezetben találhatók, ahol hozzájárulnak a tápanyag-ciklushoz és a szerves anyagok lebomlásához. A talaj protozoonjaira példák az amőbák, a flagellátok és a csillók.
4. Szimbiotikus kapcsolatok:Sok protozoon szimbiotikus kapcsolatot alakít ki más élőlényekkel. Például egyes protozoonok az állatok emésztőrendszerében élnek, segítik az élelmiszerek emésztését és a tápanyagok felszívódását. Ilyen például a termeszeknél a trichonympha, a laposférgeknél a Paramecium bursaria.
5. Parazita protozoonok:Egyes protozoonok olyan paraziták, amelyek állatokban és emberekben betegségeket okozhatnak. Ezek a parazita protozoonok gazdáik vérében, emésztőrendszerében vagy más szöveteiben tartózkodhatnak. Ilyen például a maláriát okozó Plasmodium és az afrikai alvásbetegséget okozó Trypanosoma.
Összességében elmondható, hogy a protozoonok változatos környezetben találhatók, az édesvízi és tengeri ökoszisztémáktól a talajig és más élőlényekkel való szimbiotikus társulásokig.