- Királyi pingvinek :A MacQuarie Island a világ legnagyobb királyi pingvinek populációjának ad otthont, több mint 1 millió költő párral. Ezeket a pingvineket a sziget számos strandján és sziklás partjain lehet látni.
- Királypingvinek :Királypingvinek a MacQuarie Islanden is megtalálhatók, de sokkal kisebb számban, mint a királyi pingvinek. Kolóniákban találhatók a sziget északi végén.
-Gentoo pingvinek :A Gentoo pingvinek a legkisebbek a MacQuarie-szigeten található három pingvinfaj közül. A sziget strandjain és sziklás partjain láthatók, de kevésbé gyakoriak, mint a királyi és királypingvinek.
-Császárpingvinek :Bár a császárpingvinek főként az Antarktiszon találhatók, a Macquarie-szigeten egy kis populáció költ. Ők a legnagyobbak a pingvinfajok közül, és a téli hónapokban a sziget jégtábláin láthatók.
Az őshonos fajokon kívül számos betelepített faj is található a MacQuarie-szigeten, mint pl.
-Nyulak :A nyulakat a 18. században fókavadászok és bálnavadászok hozták be a szigetre. Azóta kártevővé váltak, mivel az élelemért és az élőhelyért versenyeznek az őshonos vadon élő állatokkal.
-Macskák :A macskákat fókavadászok és bálnavadászok is behozták a szigetre. Kártevővé is váltak, mivel az őshonos vadon élő állatokat zsákmányolják.
-Egerek :Az egereket véletlenül vezették be a szigetre hajókon. Azóta kártevővé váltak, mivel az élelemért és az élőhelyért versenyeznek az őshonos vadon élő állatokkal.
-Patkányok :A patkányokat véletlenül, hajókon vezették be a szigetre. Azóta kártevővé váltak, mivel az élelemért és az élőhelyért versenyeznek az őshonos vadon élő állatokkal.
A MacQuarie-szigetre betelepített fajok jelentős veszélyt jelentenek a sziget őshonos élővilágára. A kormány azon dolgozik, hogy kordában tartsa ezeket a populációkat, és megvédje a sziget egyedülálló ökoszisztémáját.