Kiszámíthatatlan hosszú távú hatások: A génsebészet magában foglalja az állat DNS-ének megváltoztatását, és ezeknek a módosításoknak a hosszú távú következményei nem teljesen ismertek. Előfordulhatnak előre nem látható egészségügyi problémák, fejlődési rendellenességek vagy egyéb negatív hatások, amelyek idővel jelentkeznek.
Genetikai szennyeződés: A géntechnológiával módosított állatok potenciálisan kereszteződhetnek vadon élő populációkkal, ami idegen gének bejutásához vezethet a természetes ökoszisztémákba. Ez megzavarhatja az ökológiai egyensúlyt, és nem kívánt következményekkel járhat a biológiai sokféleségre.
Állatjóléti aggályok: A genetikai módosítások olyan módon változtathatják meg az állatok természetes viselkedését, ösztöneit vagy fizikai jellemzőit, amelyek negatívan befolyásolhatják jólétüket. Kulcsfontosságú annak biztosítása, hogy a genetikai módosítások előtérbe helyezzék az állatok jólétét és kíméletes bánásmódját.
Etikai megfontolások: Az állatok génsebészete etikai aggályokat és kérdéseket vet fel a természet megváltoztatásának erkölcsi következményeivel kapcsolatban. Vannak, akik tiltakoznak az élőlények emberi célokra történő genetikai módosítása ellen.
Szabályozási kihívások: A génmanipulált állatok fejlesztése és kereskedelmi forgalomba hozatala szilárd szabályozási kereteket igényel a biztonságuk, hatékonyságuk és felelősségteljes használatuk biztosítása érdekében. Ezeknek a szabályozásoknak a kialakítása és betartatása összetett és erőforrás-igényes lehet.
Fogyasztói elfogadás: A génmanipulált állati termékek sikerében jelentős szerepet játszanak a közvélemény elfogadása és a fogyasztói preferenciák. Ellenállás vagy szkepticizmus lehet a fogyasztók körében e termékek biztonságát, tápértékét és etikai vonatkozásait illetően, ami korlátozhatja piaci potenciáljukat.
Technológiától való függés: A géntechnológia nagymértékben támaszkodik a fejlett technológiákra és szakértelemre, ami korlátozhatja számos gazdálkodó és termelő elérhetőségét és megfizethetőségét, különösen a fejlődő régiókban.
A genetikai sokféleség elvesztése: A géntechnológia az állatpopulációk genetikai sokféleségének csökkenéséhez vezethet, mivel bizonyos módosult tulajdonságok egyre inkább elterjednek, ami potenciálisan veszélyezteti a faj ellenálló képességét és alkalmazkodóképességét a változó környezeti feltételekhez.
Nem kívánt következmények: A biológiai rendszerek összetettsége azt jelenti, hogy a géntechnológiai beavatkozások nem kívánt és előre nem látható következményekkel járhatnak. Például egy gén megváltoztatása egy kívánt tulajdonság fokozása érdekében akaratlanul is kiválthat más változásokat, amelyek negatív hatással járnak.