A vörös farkas populáció legnagyobb fenyegetése ma az élőhely-elveszés és töredékesedés. Ezt több más tényező is súlyosítja:
Kereszteződés kojotokkal: A bekereszteződés csökkenti a vörös farkasok génszachmaioritását.
Ember–vad konfliktus: Vörös farkasokat néha szándékosan vagy véletlenül ölnek meg emberek.
Betegségek: Érzékenyek a kutya distemperre és a kutyaderre.
Korlátozott génszachmaioritás: A nagyon kis populáció sebezhetőbbé teszi a betegségek és más fenyegetések iránt.
Az élőhely-elveszés a legjelentősebb fenyegetés, mert közvetlenül befolyásolja a vörös farkasok képességét az élelmiszer, menedék és pár keresésére. A töredékesedés növeli az emberi konfliktus és betegség kockázatát is.
Bár a természetvédelmi erőfeszítések ellenére a vörös farkas kritikusan veszélyeztetett marad. Az élőhelyvédelem, konfliktuskezelés és a kereszteződés megelőzése létfontosságú a túléléshez.