Azon területeken azonban, ahol az erőforrások ritkák, vagy területeik átfedésben vannak, konfliktusok merülhetnek fel a két faj között. Az élelmiszer, az élőhely és a vadászterületek versenye konfrontációkhoz és harcokhoz vezethet.
Amikor a farkasok prérifarkasokkal találkoznak, aktívan üldözhetik és megtámadhatják őket, hogy megteremtsék a dominanciát vagy védjék területüket. A farkasok néha megölhetik a prérifarkasokat a verseny csökkentése érdekében. Az ilyen interakciók valószínűbbek, ha a zsákmány korlátozott, vagy a tenyészidőszakban, amikor mindkét faj védi területét.
Másrészt a prérifarkasok ismertek alkalmazkodóképességükről és találékonyságukról. Bizonyos esetekben a prérifarkasok elkerülhetik a farkasokkal való közvetlen konfliktusokat, és a farkas Prey maradványainak megsemmisítéséhez fordulhatnak. Lehet, hogy módosíthatják vadászati viselkedését, és elkerülhetik azokat a területeket, ahol a farkas jelenléte magas.
Összességében a farkasok és a prérifarkasok közötti interakciók dinamikusak, és ritka esetekben a versenytől és a konfliktusoktól az együttélésig és az alkalmi együttműködésig terjedhetnek.