A mexikói farkas veszélyeztetéséhez a legjelentősebb tényező az élőhelyek elvesztése. Ez nagyrészt annak köszönhető, hogy a természetes élőhelyek mezőgazdasági és városi területré alakulnak. Ennek eredményeként a mexikói farkasok elvesztették a hozzáférést a természetes ragadozó bázisukhoz és a megfelelő Denning webhelyekhez.
2. Vadászat és csapdázás
Történelmileg a mexikói farkasokat vadásztak és csapdába estek a szőrükért és a ragadozói ellenőrzés eszközeként. Ez a válogatás nélküli farkas megölése tovább csökkentette populációit.
3. hibridizáció
A mexikói farkasok szorosan kapcsolódnak a prérifarkasokhoz, és dokumentáltak a két faj közötti interneting. A hibridizáció a mexikói farkas genetikai integritásának hígításához és az egyedi adaptációk elvesztéséhez vezethet, amelyek nélkülözhetetlenek a túléléshez természetes környezetükben.